Quelque soit le milieu (solide ou liquide), l'identification des mycobactéries à partir d'une culture s'effectuera en plusieurs étapes :

• vérifier l'appartenance au genre Mycobacterium par une coloration de Ziehl-Neelsen,
• reconnaître les mycobactéries appartenant au complexe tuberculosis (pathogènes stricts, agents étiologiques des tuberculoses),
• reconnaître les mycobactéries atypiques (mycobactéries non tuberculeuses, souvent sans signification clinique),
• identifier rapidement la mycobactérie par une méthode génotypique ou à partir des subcultures par les méthodes phénotypiques .

1. Souche isolée à partir d'un milieu solide : procédure
    
2. Souche isolée à partir d'un milieu liquide : procédure
    
3. Orientation complexe tuberculosis :  repiquage
    
4. Orientation mycobactérie atypique non pigmentée : repiquage
    
5. Orientation mycobactérie atypique pigmentée : repiquage
    
6. Milieu liquide, orientation mycobactérie atypique : repiquage
    
7. Interprétation des repiquages (subcultures) : classification de Runyon
    
8. Identification biochimique
    
9. Tests biochimiques : préparation et technique
    
10. Identification génotypique

A partir d'une souche isolée sur milieux solides ou liquides, une méthode antigénique permet une identification rapide du complexe tuberculosis (utilisation par exemple du test : SD Bioline TB Ag MPT64).